La chiesa, fondata intorno al 1221 da Ezzelino II il Monaco, fu ricostruita nelle forme attuali alla fine del sec. XVIII e presenta una delle architetture più interessanti del Canale di Brenta. Della chiesa antica resta un tabernacolo a muro (sec. XIII?). All’interno si trovano pregevoli pale d’altare della scuola dei Dal Ponte.

All’esterno sulla lunetta sopra la porta Sud si trova un affresco di ottima mano rappresentante il Cristo morto sorretto da due angeli con sopra lo Spirito Santo in forma di colomba (sec. XVI, Francesco dal Ponte il Vecchio ?). Sopra questo affresco si conservava, fino all’alluvione del novembre 1966, un grande crocifisso ligneo. Sulla parete dell’abside prospiciente il fiume si trovano murate due lapidi che segnano i livelli raggiunti dalla Brenta nel 1748 e nel 1882.

La chiesa con una domus fu donata da Ezzelino II il Monaco al Monastero di Santa Croce di Campese il 22 novembre 1221. Nella domus dovevano risiedere almeno quattro monaci litterati. Il Monastero di Santa Croce di Campese si impegnò a dotare la chiesa di Santo Spirito di un piccolo territorio di sua pertinenza. 
Questa cappella del Monastero ebbe aggregati, per la cura d’anime, anche Valstagna e Campolongo che poi divennero autonomi. La dipendenza formale dal Monastero durò fino al 1783.

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